Il Museo della Basilica di sant’Eustorgio è composto da testimonianze monumentali e storico artistiche molto diverse fra loro ma di grande importanza nel contesto milanese, a partire dal cimitero Paleocristiano, che si trova sotto la navata della chiesa, dove fra il 1959 e il 1962 furono rinvenuti i resti di una necropoli tardo antica.

Del Museo fanno parte i due monumentali ambienti della Sala Capitolare e della Sacrestia Monumentale, costruita nel 1565 e dotata di armadi in noce realizzati da un intagliatore milanese su commissione dei fratelli Negroli. Negli armadi sono esposti oggetti di arredo liturgico e preziosi reliquiari che testimoniano la devozione e l’affezione di molte famiglie milanesi al convento domenicano. Molti di questi oggetti, di cui vi è traccia negli archivi, sono purtroppo andati dispersi.

Attraverso la Sagrestia si accede alla Cappella Portinari. Quest’ultima, capolavoro dell’architettura rinascimentale lombarda, racchiude il ciclo affrescato da Vincenzo Foppa fra il 1462 e il 1468 e l’Arca di san Pietro Martire straordinaria testimonianza della scultura gotica, realizzata da Giovanni di Balduccio fra il 1336 e il 1339.